3 Cisim Problemi, 1960’ların Çin’inde, Kültür Devrimi’nin baskı ve paranoya dolu ortamında başlar. Bilime olan inancı ağır darbeler almış bir astrofizikçi olan Ye Wenjie, devletin gizli bir uzay iletişim programına dahil edilir.
Yalnızlık ve hayal kırıklığıyla alınmış bir kararla gönderdiği mesaj, hayatta kalma mücadelesi veren uzak bir uygarlığa ulaşır. Bu temas, insanlık için bir keşif değil; yavaş ilerleyen, geri dönüşü olmayan bir tehdit sürecini tetikler.